Akademiska Orkestern fortsätter den gamla europeiska universitets-orkestertraditionen, vars rötter i Finland sträcker sig ända fram till 1600-talet.
År 1640 grundade Per Brahe under drottning Kristinas tid den Kungliga Akademien i Åbo. Från första början firades akademiska akter med studenternas musikframföranden. För att befrämja denna verksamhet, grundades i Åbo redan år 1747 Finlands första ordinarie orkester, det Akademiska Kapellet. År 1828 flyttades universitetsverksamheten till Helsingfors, där orkesterns verksamhet fortsatte med bl.a. Fredrik Pacius som dirigent. Åren 1868-1926 använde denna sammansättning namnet Akademiska Orkestern. Under denna tid verkade bl.a. Jean Sibelius och Robert Kajanus som ledare för orkestern.
År 1928 återvände universitetsorkesterverksamheten ledd av kompositören Alfred Anderssén till sina källor i den forna huvudstaden, där akademiverksamheten hade aktiverats redan 10 år tidigare. Orkestern grundades då för att främja Åbo Akademis studerandes musikintresse. Som dirigenter för orkestern har fungerat bl.a. Åbo Akademis långvariga professor i musikvetenskap John Rosas och åren 1955-1990 filosofie hedersdoktor Gottfrid Gräsbeck, som orkestern våren 1992 kallade till sin hedersmedlem. En termin leddes orkestern av den i Syrien födda violoncellisten Munir Bakieh. Av orkesterns långvarigaste medlemmar är den mest kända överläkare Christer Sourander, som 1956-1995 verkade som konsertmästare och som även var orkesterns hedersmedlem och hederskonsertmästare.